FT-SA33410 — Cell Ranger

Shown here are the total UMI counts for each cell-barcode. Cells with greater UMI counts likely have higher RNA content than cells with fewer UMI counts. The axes correspond to the 2-dimensional embedding produced by the t-SNE algorithm. In this space, pairs of cells that are close to each other have more similar gene expression profiles than cells that are distant from each other. The display is limited to a random subset of 10000 cells.

t-SNE Projection of Cells Colored by UMI Counts

These are the assignments of each cell-barcode a clusters by an automated clustering algorithm. The clustering groups together cells that have similar expression profiles. The axes correspond to the 2-dimensional embedding produced by the t-SNE algorithm. In this space, pairs of cells that are close to each other have more similar gene expression profiles than cells that are distant from each other. The display is limited to a random subset of 10000 cells and K-means up to K=20. Please use Loupe(tm) Cell Browser to view the entire dataset.

t-SNE projection of Cells Colored by Automated Clustering

The differential expression analysis seeks to find, for each cluster, genes that are more highly expressed in that cluster relative to the rest of the sample. Here a differential expression test was performed between each cluster and the rest of the sample for each gene. The Log2 fold-change (L2FC) is an estimate of the log2 ratio of expression in a cluster to that in all other cells. A value of 1.0 indicates 2-fold greater expression in the cluster of interest. The p-value is a measure of the statistical significance of the expression difference and is based on a negative binomial test. The p-value reported here has been adjusted for multiple testing via the Benjamini-Hochberg procedure. In this table you can click on a column to sort by that value. Also, in this table genes were filtered by (Mean UMI counts > 1.0) and the top N genes by L2FC for each cluster were retained. Genes with L2FC < 0 or adjusted p-value >= 0.10 were grayed out. The number of top genes shown per cluster, N, is set to limit the number of table entries shown to 10000; N=10000/K^2 where K is the number of clusters. N can range from 1 to 50. For the full table, please refer to the "differential_expression.csv" files produced by the pipeline.

Top Genes By Cluster (Log2 fold-change, p-value)

Gene ID	Gene name	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value	L2FC	p-value
		Cluster 1		Cluster 2		Cluster 3		Cluster 4		Cluster 5		Cluster 6		Cluster 7		Cluster 8		Cluster 9		Cluster 10		Cluster 11		Cluster 12		Cluster 13
ENSG00000154229	PRKCA	2.31	3e-05	-1.73	3e-03	1.67	2e-05	-1.36	8e-02	-1.74	8e-06	0.70	9e-01	0.55	6e-01	-2.67	1e-03	-0.04	1e+00	-4.17	2e-03	2.02	2e-01	-1.85	6e-02	-1.60	1e+00
ENSG00000152270	PDE3B	2.23	9e-05	-0.43	1e+00	1.34	2e-03	-1.58	3e-02	-1.49	2e-04	0.59	1e+00	0.23	1e+00	-2.44	3e-03	-0.07	1e+00	-3.01	3e-02	1.86	3e-01	-1.47	2e-01	-0.13	1e+00
ENSG00000198695	MT-ND6	2.06	4e-04	-0.35	1e+00	0.59	5e-01	-0.27	1e+00	-1.74	4e-06	1.05	8e-01	-0.34	1e+00	-0.36	1e+00	0.25	1e+00	-0.49	1e+00	1.25	7e-01	-1.15	4e-01	0.05	1e+00
ENSG00000065357	DGKA	2.00	5e-04	-0.94	2e-01	1.29	3e-03	-1.81	1e-02	-1.57	5e-05	0.76	9e-01	0.40	8e-01	-0.72	9e-01	0.53	8e-01	-1.28	1e+00	1.62	4e-01	-3.39	1e-04	-0.30	1e+00
ENSG00000186854	TRABD2A	1.98	7e-04	-1.92	7e-04	2.24	8e-10	-3.89	7e-08	-3.44	8e-16	0.52	1e+00	0.86	2e-01	-1.91	3e-02	0.19	1e+00	-2.75	6e-02	2.07	2e-01	-4.35	4e-06	-1.13	1e+00
ENSG00000127152	BCL11B	1.98	8e-04	-0.00	1e+00	1.40	1e-03	-0.66	6e-01	-3.68	1e-18	0.32	1e+00	0.53	6e-01	-2.55	1e-03	0.53	8e-01	-3.11	2e-02	1.70	3e-01	-3.82	1e-05	0.04	1e+00
ENSG00000134352	IL6ST	1.91	1e-03	-2.22	6e-05	1.58	8e-05	-2.70	7e-05	0.03	1e+00	0.40	1e+00	0.05	1e+00	-1.52	1e-01	-0.43	1e+00	-2.40	1e-01	1.94	2e-01	-1.84	6e-02	-2.26	1e+00
ENSG00000163346	PBXIP1	1.90	1e-03	-0.20	1e+00	0.66	3e-01	-0.70	6e-01	-2.41	8e-10	-0.07	1e+00	0.49	7e-01	-0.92	6e-01	1.08	5e-02	-1.20	1e+00	1.17	8e-01	-1.77	7e-02	0.35	1e+00
ENSG00000154814	OXNAD1	1.85	2e-03	-0.78	4e-01	1.79	3e-06	-1.40	7e-02	-3.23	8e-15	0.72	9e-01	0.90	1e-01	-2.46	2e-03	0.13	1e+00	-3.23	2e-02	1.87	2e-01	-2.98	7e-04	-0.12	1e+00
ENSG00000115977	AAK1	1.82	2e-03	0.27	1e+00	0.74	3e-01	0.31	7e-01	-1.72	5e-06	0.82	8e-01	0.11	1e+00	-3.01	9e-05	0.18	1e+00	-3.79	3e-03	1.28	7e-01	-1.71	7e-02	0.13	1e+00
ENSG00000107742	SPOCK2	1.77	2e-03	0.26	1e+00	0.96	7e-02	-0.38	9e-01	-4.05	2e-21	0.24	1e+00	0.49	7e-01	-1.24	3e-01	0.69	5e-01	-1.42	8e-01	1.42	6e-01	-4.30	1e-06	0.74	1e+00
ENSG00000126353	CCR7	1.75	4e-03	-2.66	9e-07	2.31	9e-11	-4.15	2e-09	-3.99	6e-21	0.57	1e+00	0.79	3e-01	-0.26	1e+00	-0.47	1e+00	-0.19	1e+00	2.08	2e-01	-4.39	9e-07	-1.90	1e+00
ENSG00000251562	MALAT1	1.74	4e-03	0.09	1e+00	0.55	5e-01	0.08	1e+00	-1.49	4e-05	0.57	1e+00	-0.32	1e+00	-0.29	1e+00	-0.14	1e+00	-0.41	1e+00	1.09	1e+00	-0.70	7e-01	-0.17	1e+00
ENSG00000135976	ANKRD36	1.71	4e-03	0.25	1e+00	0.30	8e-01	0.29	8e-01	-1.63	2e-05	0.26	1e+00	-0.19	1e+00	-0.14	1e+00	0.43	9e-01	-0.63	1e+00	0.96	1e+00	-2.68	2e-03	0.24	1e+00
ENSG00000069667	RORA	1.71	4e-03	1.06	1e-02	-0.11	1e+00	1.23	8e-03	-4.25	1e-22	-0.18	1e+00	-0.07	1e+00	-2.61	9e-04	0.61	6e-01	-3.66	5e-03	0.54	1e+00	-4.41	9e-07	0.66	1e+00
ENSG00000205268	PDE7A	1.70	4e-03	-0.72	5e-01	1.08	2e-02	-0.52	8e-01	-1.47	1e-04	0.00	1e+00	-0.01	1e+00	0.55	6e-01	-0.02	1e+00	0.02	1e+00	1.32	7e-01	-2.57	3e-03	-0.40	1e+00
ENSG00000076641	PAG1	1.69	4e-03	-0.90	3e-01	0.37	8e-01	-1.13	2e-01	-0.90	3e-02	-0.21	1e+00	0.04	1e+00	-2.03	1e-02	0.50	8e-01	-2.18	2e-01	0.83	1e+00	1.57	1e-03	-0.07	1e+00
ENSG00000198727	MT-CYB	1.68	6e-03	-0.01	1e+00	0.30	9e-01	-0.30	1e+00	-1.21	9e-04	1.10	8e-01	-0.20	1e+00	-0.15	1e+00	-0.23	1e+00	-0.06	1e+00	0.83	1e+00	-0.48	1e+00	0.10	1e+00
ENSG00000198899	MT-ATP6	1.65	7e-03	0.01	1e+00	0.22	1e+00	-0.01	1e+00	-1.19	1e-03	1.06	8e-01	-0.37	1e+00	-0.05	1e+00	-0.34	1e+00	-0.01	1e+00	0.79	1e+00	-0.42	1e+00	-0.02	1e+00
ENSG00000081059	TCF7	1.65	8e-03	-0.67	6e-01	1.78	3e-06	-1.87	5e-03	-3.48	2e-17	0.29	1e+00	0.97	1e-01	-2.09	9e-03	0.44	9e-01	-2.01	3e-01	1.79	3e-01	-3.14	2e-04	0.23	1e+00
ENSG00000072818	ACAP1	1.64	8e-03	0.27	1e+00	0.57	5e-01	0.30	8e-01	-2.11	2e-08	0.46	1e+00	0.06	1e+00	-0.34	1e+00	0.33	1e+00	-0.53	1e+00	0.99	1e+00	-3.54	3e-05	0.18	1e+00
ENSG00000198888	MT-ND1	1.63	8e-03	-0.31	1e+00	0.15	1e+00	-0.70	5e-01	-0.39	4e-01	1.05	8e-01	-0.29	1e+00	-0.11	1e+00	-0.40	1e+00	-0.04	1e+00	0.71	1e+00	-0.30	1e+00	0.05	1e+00
ENSG00000169508	GPR183	1.63	7e-03	-0.80	4e-01	0.62	4e-01	-3.18	2e-06	-1.62	2e-05	-0.68	1e+00	0.92	1e-01	-0.11	1e+00	1.12	4e-02	0.38	1e+00	0.98	1e+00	-4.55	7e-07	0.62	1e+00
ENSG00000117602	RCAN3	1.62	7e-03	-2.30	2e-05	1.67	3e-05	-3.32	8e-07	-2.23	9e-09	0.55	1e+00	1.15	2e-02	-1.00	5e-01	0.73	4e-01	-0.97	1e+00	1.70	3e-01	-3.09	4e-04	-0.53	1e+00
ENSG00000100100	PIK3IP1	1.62	7e-03	-0.89	3e-01	1.75	6e-06	-1.23	1e-01	-2.88	3e-13	0.33	1e+00	0.72	3e-01	-0.85	7e-01	0.20	1e+00	-1.13	1e+00	1.72	3e-01	-1.82	5e-02	-0.48	1e+00
ENSG00000114857	NKTR	1.60	1e-02	-0.13	1e+00	0.25	1e+00	-0.28	1e+00	-0.54	2e-01	-0.04	1e+00	-0.37	1e+00	-0.30	1e+00	0.00	1e+00	-0.77	1e+00	0.86	1e+00	0.25	1e+00	-0.47	1e+00
ENSG00000122417	ODF2L	1.60	9e-03	0.17	1e+00	0.14	1e+00	0.14	1e+00	-2.71	8e-12	0.01	1e+00	0.44	8e-01	-0.40	1e+00	0.78	3e-01	-0.46	1e+00	0.85	1e+00	-2.08	2e-02	1.01	1e+00
ENSG00000168685	IL7R	1.57	1e-02	-0.83	3e-01	1.20	8e-03	-3.64	2e-08	-4.25	3e-24	-0.18	1e+00	1.58	2e-04	-3.18	3e-05	1.14	4e-02	-3.35	8e-03	1.41	7e-01	-4.15	1e-06	1.47	9e-01
ENSG00000074966	TXK	1.57	1e-02	-0.45	9e-01	1.02	4e-02	2.27	5e-10	-4.47	6e-23	0.33	1e+00	-0.24	1e+00	-3.10	1e-04	-0.84	8e-01	-3.61	7e-03	1.31	7e-01	-3.66	4e-05	-0.90	1e+00
ENSG00000198938	MT-CO3	1.56	1e-02	-0.26	1e+00	0.20	1e+00	-0.32	9e-01	-0.62	1e-01	1.05	8e-01	-0.42	1e+00	-0.02	1e+00	-0.32	1e+00	0.05	1e+00	0.72	1e+00	-0.26	1e+00	-0.17	1e+00
ENSG00000198840	MT-ND3	1.56	1e-02	-0.39	9e-01	0.21	1e+00	-0.58	6e-01	-0.53	2e-01	1.04	8e-01	-0.40	1e+00	0.17	1e+00	-0.54	1e+00	0.22	1e+00	0.80	1e+00	-0.15	1e+00	-0.21	1e+00
ENSG00000244754	N4BP2L2	1.51	2e-02	-0.01	1e+00	0.34	9e-01	0.01	1e+00	-0.74	6e-02	0.25	1e+00	-0.41	1e+00	-0.18	1e+00	0.02	1e+00	-0.55	1e+00	0.92	1e+00	-0.49	1e+00	-0.07	1e+00
ENSG00000137642	SORL1	1.49	2e-02	-0.50	8e-01	0.34	8e-01	0.14	1e+00	0.47	2e-01	-0.01	1e+00	-0.37	1e+00	-1.69	6e-02	-0.19	1e+00	-2.28	1e-01	1.05	9e-01	-1.22	3e-01	-0.80	1e+00
ENSG00000237943	PRKCQ-AS1	1.49	2e-02	-0.58	7e-01	1.70	2e-05	-0.19	1e+00	-3.93	1e-19	0.44	1e+00	1.26	7e-03	-3.28	4e-05	0.24	1e+00	-3.00	3e-02	1.44	5e-01	-4.54	9e-07	-0.45	1e+00
ENSG00000163728	TTC14	1.47	2e-02	-0.04	1e+00	0.40	7e-01	0.10	1e+00	-0.81	5e-02	0.14	1e+00	-0.52	1e+00	0.01	1e+00	-0.06	1e+00	-0.22	1e+00	0.97	1e+00	-0.49	1e+00	-0.35	1e+00
ENSG00000160613	PCSK7	1.47	2e-02	0.30	1e+00	-0.07	1e+00	0.47	5e-01	-0.79	6e-02	-0.28	1e+00	-0.50	1e+00	-0.13	1e+00	0.17	1e+00	-0.55	1e+00	0.77	1e+00	-0.89	6e-01	-0.06	1e+00
ENSG00000198763	MT-ND2	1.46	3e-02	-0.38	9e-01	0.11	1e+00	-0.73	4e-01	-0.16	9e-01	1.01	8e-01	-0.30	1e+00	-0.28	1e+00	-0.45	1e+00	-0.23	1e+00	0.57	1e+00	0.15	1e+00	0.07	1e+00
ENSG00000083799	CYLD	1.42	3e-02	-0.37	1e+00	0.49	6e-01	-0.49	8e-01	-0.66	1e-01	-0.04	1e+00	0.27	1e+00	-0.42	1e+00	0.53	8e-01	-0.62	1e+00	0.87	1e+00	-0.67	9e-01	-0.36	1e+00
ENSG00000198712	MT-CO2	1.40	4e-02	-0.05	1e+00	-0.02	1e+00	0.06	1e+00	-0.65	1e-01	0.96	8e-01	-0.55	8e-01	0.01	1e+00	-0.39	1e+00	0.02	1e+00	0.55	1e+00	0.01	1e+00	-0.19	1e+00
ENSG00000198886	MT-ND4	1.40	4e-02	-0.06	1e+00	0.14	1e+00	-0.17	1e+00	-0.58	2e-01	0.81	9e-01	-0.31	1e+00	0.01	1e+00	-0.36	1e+00	0.04	1e+00	0.62	1e+00	-0.39	1e+00	0.04	1e+00
ENSG00000168066	SF1	1.40	4e-02	-0.36	1e+00	0.41	8e-01	-0.19	1e+00	-0.60	1e-01	0.24	1e+00	-0.23	1e+00	0.21	1e+00	-0.07	1e+00	0.08	1e+00	0.89	1e+00	-0.68	9e-01	-0.35	1e+00
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ENSG00000269404	SPIB	-4.61	1e-03	-3.43	6e-08	-5.65	2e-10	-5.54	1e-09	-0.74	1e-01	-3.81	6e-01	-6.10	6e-10	3.91	5e-29	-4.64	4e-07	3.22	1e-11	-5.11	4e-01	-3.58	3e-04	-5.20	3e-01
ENSG00000204287	HLA-DRA	-4.64	2e-04	-3.40	1e-10	-6.18	2e-16	-4.69	1e-11	1.97	1e-12	-3.43	5e-01	-6.06	6e-15	1.98	4e-06	-3.66	5e-07	1.88	2e-03	-5.63	2e-01	0.48	8e-01	-5.02	2e-01
ENSG00000197353	LYPD2	-4.77	3e-02	-6.19	2e-09	-6.81	7e-08	-6.12	1e-06	-8.02	4e-20	-4.39	8e-01	-6.68	7e-07	-6.36	3e-05	-5.23	8e-05	-6.56	1e-02	-4.69	1e+00	10.52	1e-107	-5.78	1e+00
ENSG00000121552	CSTA	-4.82	3e-04	-5.83	8e-18	-5.12	4e-12	-5.75	5e-13	4.60	2e-67	-3.87	4e-01	-6.31	2e-13	-5.77	3e-10	-6.18	5e-12	-6.20	1e-05	-4.90	3e-01	1.05	8e-02	-5.42	2e-01
ENSG00000155465	SLC7A7	-4.89	3e-04	-6.63	1e-18	-5.24	6e-12	-5.81	2e-12	3.07	5e-31	-4.41	2e-01	-5.79	1e-11	-2.15	9e-03	-5.98	5e-11	-2.34	1e-01	-6.12	2e-01	2.53	4e-10	-5.22	2e-01
ENSG00000196735	HLA-DQA1	-4.96	1e-04	-1.75	2e-03	-6.32	2e-15	-3.50	2e-07	1.52	2e-07	-3.31	6e-01	-6.77	6e-15	2.30	2e-08	-2.70	3e-04	2.05	6e-04	-6.78	2e-01	0.04	1e+00	-3.23	1e+00
ENSG00000106066	CPVL	-5.14	1e-04	-6.18	4e-19	-6.33	4e-15	-6.22	3e-14	4.79	6e-72	-3.85	4e-01	-6.36	8e-14	-6.24	3e-11	-5.33	2e-10	-5.66	4e-05	-5.79	2e-01	0.87	2e-01	-5.88	2e-01
ENSG00000100721	TCL1A	-5.26	3e-04	-3.76	9e-10	-6.56	7e-14	-4.44	7e-09	-2.18	1e-07	-4.46	3e-01	-5.42	1e-10	4.62	8e-43	-6.29	5e-11	2.94	7e-09	-6.75	2e-01	-3.70	1e-04	-5.85	2e-01
ENSG00000101439	CST3	-5.29	5e-05	-5.05	2e-16	-6.17	9e-16	-4.90	1e-11	3.65	7e-43	-4.69	1e-01	-6.68	2e-15	-6.36	8e-13	-5.74	2e-12	-6.24	3e-06	-5.78	2e-01	2.06	7e-06	-6.20	1e-01
ENSG00000121316	PLBD1	-5.30	2e-04	-5.55	2e-15	-5.53	6e-12	-5.42	4e-11	5.35	1e-82	-2.49	8e-01	-5.88	2e-11	-5.08	4e-08	-5.49	1e-09	-3.76	8e-03	-4.21	5e-01	0.04	1e+00	-6.31	2e-01
ENSG00000128218	VPREB3	-5.43	4e-04	-3.83	2e-09	-4.88	2e-09	-4.77	9e-09	-6.08	2e-25	-3.62	6e-01	-5.74	8e-10	4.38	2e-38	-7.20	2e-10	3.56	7e-15	-5.34	3e-01	-4.82	6e-06	-4.43	5e-01
ENSG00000223609	HBD	-5.54	1e+00	-5.37	2e-01	-4.25	7e-01	-6.47	4e-01	-6.79	4e-04	9.67	2e-20	-5.44	7e-01	-6.13	1e+00	-1.63	1e+00	-5.33	1e+00	-3.45	1e+00	-5.93	1e+00	-4.55	1e+00

This plot shows the Sequencing Saturation metric as a function of downsampled sequencing depth in mean reads per cell, up to the observed sequencing depth. Sequencing Saturation is a measure of the observed library complexity, and approaches 1.0 (100%) when all converted mRNA transcripts have been sequenced. The slope of the curve near the endpoint can be interpreted as an upper bound to the benefit to be gained from increasing the sequencing depth beyond this point. The dotted line is drawn at a value reasonably approximating the saturation point.

Sequencing Saturation

This plot shows the Median Genes per Cell as a function of downsampled sequencing depth in mean reads per cell, up to the observed sequencing depth. The slope of the curve near the endpoint can be interpreted as an upper bound to the benefit to be gained from increasing the sequencing depth beyond this point.

Number of Reads	535,764,343
Valid Barcodes	97.6%
Sequencing Saturation	77.0%
Q30 Bases in Barcode	97.3%
Q30 Bases in RNA Read	93.4%
Q30 Bases in Sample Index	93.9%
Q30 Bases in UMI	97.2%

Reads Mapped to Genome	96.3%
Reads Mapped Confidently to Genome	90.6%
Reads Mapped Confidently to Intergenic Regions	6.9%
Reads Mapped Confidently to Intronic Regions	28.6%
Reads Mapped Confidently to Exonic Regions	55.1%
Reads Mapped Confidently to Transcriptome	51.1%
Reads Mapped Antisense to Gene	1.5%

Estimated Number of Cells	8,772
Fraction Reads in Cells	79.0%
Mean Reads per Cell	61,076
Median Genes per Cell	1,560
Total Genes Detected	20,614
Median UMI Counts per Cell	4,821

Name	FT-SA33410
Description
Transcriptome	hg19
Chemistry	Single Cell 3' v3
Cell Ranger Version	3.0.0

Estimated Number of Cells

Mean Reads per Cell

Median Genes per Cell

Sequencing

Mapping

Cells

Sample

Clustering Type:

t-SNE Projection of Cells Colored by UMI Counts

t-SNE projection of Cells Colored by Automated Clustering

Top Genes By Cluster (Log2 fold-change, p-value)

Sequencing Saturation

Median Genes per Cell